SEL et associés : de nouvelles règles fiscales

Les sociétés d’exercice libéral (SEL) sont des structures très répandues pour l’exercice en commun d’une activité libérale réglementée (médecin, pharmacien, avocat, etc.). Elles permettent d’organiser l’activité professionnelle sous la forme d’une société tout en respectant les règles spécifiques des professions libérales.

Ces dernières années, des évolutions importantes ont clarifié la façon dont les rémunérations des associés sont imposées, mais aussi créé de nouveaux enjeux pour optimiser les stratégies de retraite et d’épargne salariale.

Clarification de l’imposition des rémunérations

Deux types de rémunération à distinguer

Dans une SEL, un associé peut recevoir des rémunérations provenant de deux sources différentes :

1. La rémunération liée à son activité libérale ; c’est ce que l’on pourrait appeler la pratique professionnelle : les honoraires perçus pour les actes ou services rendus à vos clients ou patients au sein de la société.
2. La rémunération liée à un mandat social ; il s’agit de la rémunération versée parce que l’associé exerce des fonctions de direction ou de représentation au sein de la société (par exemple, être gérant ou président).

Pourquoi cette distinction est importante

Avant, l’administration fiscale française avait des positions parfois contradictoires sur la manière d’imposer ces rémunérations. Une jurisprudence (décisions rendues par les tribunaux et notamment le Conseil d’État) avait établi que la rémunération issue de l’activité libérale devait rester imposable en tant que bénéfices non commerciaux (BNC), comme pour un professionnel libéral exerçant seul.

Le problème ? Il n’y avait pas de règle uniforme clairement appliquée par l’administration fiscale, ce qui créait une insécurité juridique pour les associés de SEL.

Ce que disent les mises à jour du BOFiP

Pour supprimer cette incertitude, l’administration fiscale a mis à jour son manuel pratique (le BOFiP) à deux reprises : en décembre 2022 puis en janvier 2024. Ces mises à jour officialisent que :

• Les rémunérations provenant de l’activité libérale des associés de SEL sont obligatoirement imposées en BNC, sauf si l’associé peut démontrer qu’il existe un lien de subordination (ce qui caractériserait plutôt un contrat de travail et donc une imposition en traitements et salaires).

Cela signifie concrètement que c’est la nature de l’activité qui détermine l’imposition, et non pas seulement la forme de la société.

L’arrêt du Conseil d’État du 8 avril 2025 : ce qui change

Une grande nouveauté est venue avec une décision du Conseil d’État du 8 avril 2025. Cette décision a annulé deux éléments de la doctrine administrative :

a) La tolérance automatique de 5 %

Jusqu’à présent, l’administration admettait par tolérance qu’au moins 5 % de la rémunération totale d’un gérant de SELARL ou SELCA soit considérée comme rémunération de gérance (donc imposable différemment). Cette tolérance n’existe plus.

b) La classification automatique de certaines tâches administratives

Autrefois, certaines tâches comme la facturation, la gestion du personnel ou les rendez-vous étaient considérées comme liées à l’activité libérale et non à la gérance. Le Conseil d’État a annulé cette règle automatique. Autrement dit, ces tâches ne sont plus systématiquement considérées comme activité libérale : elles peuvent, si elles font partie intégrante de la gérance, être rattachées à la rémunération de mandat social.

Pourquoi ces distinctions comptent fiscalement

Lorsque vous êtes associé dans une SEL :

• vos revenus liés à votre activité de professionnel libéral sont imposés dans la catégorie des BNC (comme si vous exerciez en libéral classique), à moins qu’il existe un lien de subordination.
• vos revenus liés à vos fonctions de direction (mandat social) sont imposés selon une autre règle fiscale spécifique (article 62 du Code général des impôts).

Si vous ne pouvez pas clairement distinguer ces deux sources de rémunération, tout votre revenu peut être imposé selon la règle la moins favorable, ce qui peut augmenter votre imposition.

C’est pourquoi il est essentiel de documenter précisément les tâches et missions effectuées dans le cadre de la gérance — afin de justifier leur qualification fiscale.

Les conséquences pour l’épargne retraite et l’épargne salariale

Ces nouvelles règles ont un impact concret au-delà de l’impôt :

Épargne retraite (PER)

Pour les travailleurs non salariés (TNS), comme les associés exerçant en SEL, certaines cotisations versées sur un Plan d’Épargne Retraite (PER) peuvent être déductibles fiscalement, mais le calcul des plafonds dépend de la nature de vos rémunérations.

Épargne salariale

L’accès à certains dispositifs d’épargne salariale (intéressement, participation, PEE) dépend de votre rémunération de mandat social. Si vous n’avez pas ou très peu de rémunération liée à la gérance, vous pouvez voir votre accès à ces dispositifs limité.

Pourquoi cela vous concerne ?

Pour un professionnel libéral, ces règles ne sont pas de simples détails techniques. Elles influencent :

• Votre imposition personnelle,
• Votre stratégie d’épargne retraite,
• Votre accès aux dispositifs d’épargne salariale,
• La manière dont vous organisez votre rémunération avec votre expert-comptable.

Conseil pratique

Avec ces nouvelles règles, il est recommandé de travailler en étroite collaboration avec votre expert-comptable ou conseiller fiscal pour documenter précisément vos tâches et pour optimiser la répartition de vos rémunérations.

Cela permet de sécuriser votre situation fiscale et d’éviter des mauvaises surprises en cas de contrôle.